Početak rada Muftijstva mostarskog veže se za Mevlana Ahmed ef. koji se se spominje 1592. godine, kao prvi poznati mostarski muftija. 

Muftijstvo u Mostaru i Hercegovini kroz svoju burnu višestoljetnu historiju, afirmisalo se kao glavna duhovna, vjerska, islamsko-obrazovna i odgojna ustanova, čemu je nesumnjivo doprinosio kvalitetan vjerski, obrazovni, kulturni i ukupni društveni organizirani život naše Zajednice i našeg naroda u gradu Mostaru, kao sjedištu muftijstva i glavnom centru muslimana i Bošnjaka Hercegovine. Tome su doprinosile i učene muftije na čelu muftijstva poput Mustafe ef. Ejubovića – Šejh Juje, Ahmeda ef. Mostarca, Mustafe Sidki ef. Karabega, Ali ef. Fehmi Džabića, Sidki ef. Sarajlića i brojnih drugih, kao i brojna učena vjerska inteligencija koja je stasavala u okriljima medresa, hanikaha, tekija… 

Muftiluk mostarski teritorijalno je najveći u državi. Prostire se na širokom geografskom prostoru, koji je širi od onoga što je geografska odrednica Hercegovine. Njemu organizacijski pripada 14 medžlisa Islamske zajednice, koji po aktuelnom Ustavnom uređenju države BiH pokrivaju prostor 17 općina i nalaze se na području tri Kantona (Hercegovačko-neretvanskog, Zapadno-hercegovačkog i Kantona 10), te na području cijele Istočne Hercegovine, u entitetu RS. To je ogroman i razuđen geografski prostor, a bošnjački narod je, sa svojim džematima i zajednicom, stoljećima pomjeran sa svojih ognjišta, reduciran je njegov nacionalni prostor, brojnost stalno smanjivana, usljed ubijanja, progona, paljenja, razaranja, raseljavanja.

U vrijeme ustanka Srba u Hercegovini od 1875. do 1878. posebno je zabilježeno stradanje vjerskih objekata. Težak udarac vjerskim objektima zadan je i u vrijeme Prvog i Drugog svjetskog rata. U vremenu komunističke vlasti mnoge džamije su porušene. Od 1949. do 1967. u Mostaru je porušeno 11 džamija. U protekloj agresiji na Bosnu i Hercegovinu imovina Islamske zajednice, u prvom redu džamije i mesdžidi, ali i svi drugi objekti u njenom posjedu su razarani, i u potpunosti uništavani.

Muftijstvo mostarsko kao upravni organ ima službe, na čijem čelu se nalaze rukovodioci službi.

  1. Služba za vjerske poslove i obrazovanje
  2. Služba za administrativne, pravne, ekonomske i finansijske poslove.

Na području Muftiluka mostarskog djeluje Karađoz-begova medresa, najstarija odgojno-obrazovna institucija na području Hercegovine.

Utemeljio ju je najpoznatiji hercegovački vakif, Karađoz-beg, 1557. godine. Njen kontinuirani rad prekinut je 1918. godine, a ponovo je reaktiviran 1995. godine.

Na području Muftiluka mostarskog djeluju i sljedeći pravni subjekti i ustanove u okviru Medžlisa Islamske zajednice Mostar: IC Štamparija, osnovana 1995. godine, pokopno preduzeće „Bašluk“, osnovano 2005. godine, turistička agencija „Contact Travel“, osnovana 2008. godine, u okviru koje funkcionira Studentski hotel Mostar, te Dječiji vrtić „Zemzem“, osnovan 2012. godine.

Muftijstvo kao upravni organ ima Savjet za vjerska pitanja i Savjet za administrativna pitanja.

Aktivnosti muftijstva mostarskog odvijaju se u okviru zacrtanih i usvojenih planova i prioriteta.