Medrese su bile srednje i više škole u kojima se stjecalo vjersko i šerijatsko pravno znanje i poznavanje orijentalnih jezika. Građene su, kao i mektebi, na inicijativu pojedinaca kao njihovi vakufi (zadužbine), pa su vakufname najvažniji dokumenti koji i daju podatke o medresama.
Na području Mostara postojale su sljedeće medrese za koje postoje određeni podaci:
Karađoz-begova, izgrađena između 1557. i 1570. godine;
Koski Mehmed-pašina, izgrađena oko 1620. godine;
Ćejvan-begova (Ćejvan-ćehajina), izgrađena poslije 1558. godine;
Roznamedži Ibrahim efendijina, izgrađena oko 1612. godine;
Derviš-paše Bajezidagića, izgrađena oko 1601. godine;
Hadži Balina, izgrađena poslije 1612. godine,
Mostarca Ahmed-age, izgrađena prije 1654. godine;
Hadži Velijina (Deli medresa), izgrađena prije 1648. godine;
Buka medresa, podignuta najvjerovatnije krajem XVI stoljeća; i
Hanikah-medresa Šejh Ismaila Opijača, izgrađena 1668. godine (Bećirbegović, 1974, str. 251-283).
